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苹果手机查询已删除的短信，可以通过以下几种方法。
借助iCloud备份恢复
如果之前有进行iCloud备份的话，可以通过以下步骤恢复已删除的短信：
1、打开iPhone的设置，点击通用选项。
2、点击还原选项，选择从iCloud备份恢复选项。
3、输入Apple ID和密码登录iCloud备份后，选择最近的备份时间进行恢复，恢复完成后，可以在短信应用中查看已删除的短信。
方法二：使用第三方软件恢复删除的短信
可以使用第三方软件来恢复已删除的短信，比如数据蛙苹果恢复专家等，这些软件可以扫描手机内存中的残余数据并尝试恢复删除的短信，不过使用第三方软件恢复数据时需要注意数据安全和隐私问题。
方法三：通过短信回收站恢复
有些苹果手机支持短信回收站功能，可以在设置中进行查找和开启，回收站中会保存一定时间内删除的短信，可以在回收站中找回已删除的短信，不过需要注意的是，回收站中的短信保存时间是有限的，过期后将被彻底删除。
三种方法都需要根据具体情况选择使用，如果无法通过以上方法找回已删除的短信，建议咨询苹果官方客服寻求更多帮助，为了避免数据丢失，建议定期备份手机数据。